Es la ciudad importante del Departamento de Madre de Dios, en la selva del sur oriental del Perú. Un vuelo desde el Cusco toma aproximadamente 30 minutos, ésa es la mejor opción para visitar la selva una vez que usted se encuentra en la Capital de los Inkas. Aquí como en el caso de Iquitos usted será acomodado en uno de los muchos albergues en la región para empezar las expediciones de observación de naturaleza. La selva alrededor de aquí incluso es menos explorada que en Iquitos, y usted podrá tomar paseos alrededor de los famosas "Cochas" o lagos cerrados que son el medio ambiente de la fauna grande.

De Puerto Maldonado es posible hacer viajes a 2 Reservas Naturales peruanas:

La Reserva de Biosfera del Manu; es un territorio ancho entre el Cusco y Madre de Dios que cubre aproximadamente 19137 Km² (10% del territorio nacional). El interés científico que despierta el Parque del Manu está basado en su gran diversidad de flora y especies de fauna que son uno de los más grandes del mundo y que se mantiene casi inalterado en millones de años de evolución natural. Si usted está buscando una experiencia real en la observación de naturaleza ésta es el lugar para usted. Se estima que en el Manu hay aproximadamente 1000 especies de pájaros, 200 especies mamíferos diferentes que incluyen 13 especies de primates, 100 especies de murcielagos, etc. Es más, aquí es posible encontrar fácilmente especies en peligro de extinción como el Caiman Negro y la Nutria Gigante. Todas esas características hicieron que la UNESCO reconozca al Parque del Manu como una Reserva protegida de Biosfera.

La Reserva Natural de Tambopata - Candamo; es otro Parque en la selva entre Madre de Dios y Puno y llega aún hasta la frontera con Bolivia; a orillas del Río de Tambopata. Es una reserva ideal para la observación de flora y fauna no disturbada, incluyendo jaguares, ocelotes, saínos, nutrias gigantes, antas, etc. Se estima que alrededor de aquí hay aproximadamente 600 especies diferentes de pájaros.